COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-09 17:00:00 2.274530 2.274530 2.147503
2020-09-08 17:00:00 2.364842 2.364842 2.163013
2020-09-07 17:00:00 2.722158 1.860090 2.216754
2020-09-06 17:00:00 2.416035 2.416035 2.243693
2020-09-05 17:00:00 2.432615 1.963755 2.259926
2020-09-04 17:00:00 2.388434 1.888145 2.276736
2020-09-03 17:00:00 2.282605 2.282605 2.301373

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-09 17:00:00 0.497018 0.497018 1.737685
2020-09-08 17:00:00 2.397260 1.444788 1.712462
2020-09-07 17:00:00 2.475248 1.557632 1.673429
2020-09-06 17:00:00 2.716823 2.716823 1.771167
2020-09-05 17:00:00 1.302605 1.302605 1.778665
2020-09-04 17:00:00 2.566735 2.566735 1.809420
2020-09-03 17:00:00 2.476780 2.476780 1.819066

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-09 17:00:00 2.055800 2.055800 1.251673
2020-09-08 17:00:00 1.054018 1.054018 1.198572
2020-09-07 17:00:00 1.388889 0.163265 1.128061
2020-09-06 17:00:00 2.027027 2.027027 1.061271
2020-09-05 17:00:00 1.054217 1.054217 1.007964
2020-09-04 17:00:00 1.093750 1.093750 0.952273
2020-09-03 17:00:00 2.124646 2.124646 0.913528

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-09 17:00:00 1.285521 1.285521 1.302092
2020-09-08 17:00:00 0.684932 1.626712 1.307984
2020-09-07 17:00:00 2.741935 1.135984 1.286882
2020-09-06 17:00:00 1.790451 1.790451 1.267545
2020-09-05 17:00:00 0.972364 0.972364 1.236222
2020-09-04 17:00:00 1.128266 1.128266 1.199176
2020-09-03 17:00:00 0.797546 0.797546 1.145961

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-09 17:00:00 3.420964 3.420964 3.464644
2020-09-08 17:00:00 4.373024 4.373024 3.340089
2020-09-07 17:00:00 5.969332 5.969332 3.335969
2020-09-06 17:00:00 2.052124 2.052124 3.257823
2020-09-05 17:00:00 2.028986 2.028986 3.275439
2020-09-04 17:00:00 3.420000 3.420000 3.293723
2020-09-03 17:00:00 3.863090 3.863090 3.313058

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-09 17:00:00 2.125193 2.125193 2.316667
2020-09-08 17:00:00 2.274377 2.274377 2.292207
2020-09-07 17:00:00 2.690035 2.690035 2.317739
2020-09-06 17:00:00 1.764120 2.408235 2.310045
2020-09-05 17:00:00 2.583026 2.583026 2.302916
2020-09-04 17:00:00 2.271498 2.271498 2.300910
2020-09-03 17:00:00 1.913100 1.913100 2.301401

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-09 17:00:00 3.882099 1.545651 2.057808
2020-09-08 17:00:00 2.097902 2.097902 2.032952
2020-09-07 17:00:00 1.646707 1.646707 2.113861
2020-09-06 17:00:00 4.464286 4.464286 2.141381
2020-09-05 17:00:00 4.332449 1.768347 2.093485
2020-09-04 17:00:00 2.604757 2.604757 2.095850
2020-09-03 17:00:00 2.378687 2.378687 2.073793

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-09 17:00:00 2.067580 2.067580 1.591460
2020-09-08 17:00:00 1.439732 1.439732 1.572151
2020-09-07 17:00:00 1.750138 1.750138 1.544380
2020-09-06 17:00:00 1.249232 1.249232 1.522586
2020-09-05 17:00:00 1.617195 1.617195 1.513721
2020-09-04 17:00:00 1.643757 1.643757 1.491688
2020-09-03 17:00:00 1.415571 1.415571 1.497037

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-09 17:00:00 3.920061 3.920061 4.564482
2020-09-08 17:00:00 4.298187 4.298187 4.406363
2020-09-07 17:00:00 13.915094 13.915094 4.341496
2020-09-06 17:00:00 13.389626 6.151990 4.318771
2020-09-05 17:00:00 5.722892 2.951807 4.278628
2020-09-04 17:00:00 4.376164 4.376164 4.229080
2020-09-03 17:00:00 1.522491 3.252595 4.138491

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-09 17:00:00 1.533591 1.533591 1.944213
2020-09-08 17:00:00 2.010833 2.010833 1.947966
2020-09-07 17:00:00 1.613620 3.441895 1.942276
2020-09-06 17:00:00 2.398837 2.398837 1.960207
2020-09-05 17:00:00 2.345686 1.426758 1.968135
2020-09-04 17:00:00 1.682056 1.682056 1.983699
2020-09-03 17:00:00 2.399747 2.399747 1.998419

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-09 17:00:00 2.294686 2.294686 2.136401
2020-09-08 17:00:00 2.008032 2.008032 2.086793
2020-09-07 17:00:00 1.724138 2.079511 1.980514
2020-09-06 17:00:00 2.478315 2.478315 1.944328
2020-09-05 17:00:00 3.699422 1.907514 1.877644
2020-09-04 17:00:00 2.370990 2.370990 1.848064
2020-09-03 17:00:00 2.007648 2.007648 1.783121

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-09 17:00:00 0.917431 1.415929 1.373623
2020-09-08 17:00:00 1.948052 1.948052 1.343683
2020-09-07 17:00:00 5.142857 5.142857 1.232881
2020-09-06 17:00:00 0.769231 0.769231 1.122105
2020-09-05 17:00:00 0.000000 0.000000 1.061484
2020-09-04 17:00:00 2.030457 2.030457 0.980922
2020-09-03 17:00:00 0.604230 0.604230 0.903765

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-09 17:00:00 2.087683 2.087683 1.844723
2020-09-08 17:00:00 0.921659 0.921659 1.956025
2020-09-07 17:00:00 0.000000 0.000000 1.931583
2020-09-06 17:00:00 3.225806 1.605505 1.936316
2020-09-05 17:00:00 3.142077 5.027322 1.898883
2020-09-04 17:00:00 2.522936 2.522936 1.839516
2020-09-03 17:00:00 0.809717 0.809717 1.819056

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-09 17:00:00 1.886792 1.886792 4.150478
2020-09-08 17:00:00 1.287554 1.287554 4.016644
2020-09-07 17:00:00 8.673469 8.673469 4.054802
2020-09-06 17:00:00 6.122449 6.122449 3.966758
2020-09-05 17:00:00 9.106529 2.663230 3.923462
2020-09-04 17:00:00 4.457364 4.457364 3.904903
2020-09-03 17:00:00 15.091211 2.570481 3.822730

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-09 17:00:00 4.037491 2.198991 2.422131
2020-09-08 17:00:00 1.838074 1.838074 2.416692
2020-09-07 17:00:00 2.517007 2.517007 2.380777
2020-09-06 17:00:00 2.278275 2.278275 2.385308
2020-09-05 17:00:00 2.630297 2.630297 2.440400
2020-09-04 17:00:00 2.989428 2.989428 2.484067
2020-09-03 17:00:00 2.808989 2.808989 2.514642

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-09 17:00:00 2.717848 2.717848 2.372050
2020-09-08 17:00:00 4.741379 2.221485 2.327182
2020-09-07 17:00:00 2.718078 1.577692 2.296798
2020-09-06 17:00:00 3.919007 3.919007 2.330007
2020-09-05 17:00:00 1.763386 1.763386 2.337505
2020-09-04 17:00:00 4.129898 2.294388 2.332386
2020-09-03 17:00:00 2.885683 2.885683 2.316948

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-09 17:00:00 4.148279 4.148279 3.626315
2020-09-08 17:00:00 4.018913 4.018913 3.564526
2020-09-07 17:00:00 5.640535 5.640535 3.695742
2020-09-06 17:00:00 1.741522 1.741522 3.652189
2020-09-05 17:00:00 3.176931 3.176931 3.693279
2020-09-04 17:00:00 3.628367 3.628367 3.721043
2020-09-03 17:00:00 2.443609 2.443609 3.751807

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-09 17:00:00 2.495948 2.495948 2.749182
2020-09-08 17:00:00 2.579060 2.579060 2.661761
2020-09-07 17:00:00 3.616236 3.616236 2.647878
2020-09-06 17:00:00 1.911157 1.911157 2.604811
2020-09-05 17:00:00 3.233125 3.233125 2.524786
2020-09-04 17:00:00 3.270440 3.270440 2.472769
2020-09-03 17:00:00 2.292994 2.292994 2.383996

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-09 17:00:00 1.627219 1.627219 1.678320
2020-09-08 17:00:00 1.401425 1.401425 1.659087
2020-09-07 17:00:00 1.743947 1.743947 1.673343
2020-09-06 17:00:00 1.861175 1.861175 1.691491
2020-09-05 17:00:00 1.768942 1.768942 1.705360
2020-09-04 17:00:00 1.695205 1.695205 1.719123
2020-09-03 17:00:00 1.818767 1.818767 1.750182

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-09 17:00:00 3.518124 3.518124 2.249787
2020-09-08 17:00:00 0.699301 0.699301 2.177334
2020-09-07 17:00:00 3.282828 1.448468 2.113136
2020-09-06 17:00:00 3.071253 3.071253 2.163840
2020-09-05 17:00:00 1.807910 1.807910 2.105405
2020-09-04 17:00:00 2.645503 3.846154 2.068053
2020-09-03 17:00:00 1.132075 1.132075 2.061342

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-09 17:00:00 0.000000 0.000000 2.153916
2020-09-08 17:00:00 6.493506 6.493506 2.017440
2020-09-07 17:00:00 0.000000 0.000000 2.595779
2020-09-06 17:00:00 0.000000 0.000000 2.731472
2020-09-05 17:00:00 0.000000 0.000000 3.063565
2020-09-04 17:00:00 4.878049 4.878049 3.289751
2020-09-03 17:00:00 5.128205 5.128205 3.434501

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-09 17:00:00 2.109900 2.109900 2.699223
2020-09-08 17:00:00 2.379334 2.379334 2.690936
2020-09-07 17:00:00 3.441397 3.441397 2.654485
2020-09-06 17:00:00 5.407855 5.407855 2.660858
2020-09-05 17:00:00 3.530516 3.530516 2.621264
2020-09-04 17:00:00 3.655597 1.539904 2.607489
2020-09-03 17:00:00 2.312487 2.312487 2.586142

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 0.497018 0.497018 1.737685
Basilicata 2.055800 2.055800 1.251673
Calabria 1.285521 1.285521 1.302092
Campania 3.420964 3.420964 3.464644
Emilia-Romagna 2.125193 2.125193 2.316667
Friuli Venezia Giulia 3.882099 1.545651 2.057808
Lazio 2.067580 2.067580 1.591460
Liguria 3.920061 3.920061 4.564482
Lombardia 1.533591 1.533591 1.944213
Marche 2.294686 2.294686 2.136401
Molise 0.917431 1.415929 1.373623
P.A. Bolzano 2.087683 2.087683 1.844723
P.A. Trento 1.886792 1.886792 4.150478
Piemonte 4.037491 2.198991 2.422131
Puglia 2.717848 2.717848 2.372050
Sardegna 4.148279 4.148279 3.626315
Sicilia 2.495948 2.495948 2.749182
Toscana 1.627219 1.627219 1.678320
Umbria 3.518124 3.518124 2.249787
Valle d'Aosta 0.000000 0.000000 2.153916
Veneto 2.109900 2.109900 2.699223
© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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